| |
|
|
|
Registro Completo |
|
Biblioteca(s): |
Embrapa Agroenergia; Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Pantanal; Embrapa Suínos e Aves. |
|
Data corrente: |
09/05/2016 |
|
Data da última atualização: |
10/05/2018 |
|
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
|
Autoria: |
HADI, S. I. I. A; SANTANA, H.; BRUNALE, P. P. M.; GOMES, T. G.; OLIVEIRA, M. D. de; MATTHIENSEN, A.; OLIVEIRA, M. E. C.; SILVA, F. C. P.; BRASIL, B. dos S. A. F. |
|
Afiliação: |
SÁMED, I. I. A. HADI, UFT; HUGO SANTANA, UFBA; PATRÍCIA P. M. BRUNALE, UnB; TAÍSA G. GOMES, UFT; MARCIA DIVINA DE OLIVEIRA, CPAP; ALEXANDRE MATTHIENSEN, CNPSA; MARCOS ENE CHAVES OLIVEIRA, CPATU; FLÁVIA C. P. SILVA; BRUNO DOS SANTOS ALVES FIGUEIREDO B, CNPAE. |
|
Título: |
DNA barcoding green microalgae isolated from neotropical inland waters. |
|
Ano de publicação: |
2016 |
|
Fonte/Imprenta: |
Plos One, v. 11, n. 2, Feb. 2016. |
|
DOI: |
http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0149284 |
|
Idioma: |
Inglês |
|
Conteúdo: |
This study evaluated the feasibility of using the Ribulose Bisphosphate Carboxylase Large subunit gene (rbcL) and the Internal Transcribed Spacers 1 and 2 of the nuclear rDNA (nuITS1 and nuITS2) markers for identifying a very diverse, albeit poorly known group, of green microalgae from neotropical inland waters. Fifty-one freshwater green microalgae strains isolated from Brazil, the largest biodiversity reservoir in the neotropics, were submitted to DNA barcoding. Currently available universal primers for ITS1-5.8S-ITS2 region amplification were sufficient to successfully amplify and sequence 47 (92%) of the samples. On the other hand, new sets of primers had to be designed for rbcL, which allowed 96% of the samples to be sequenced. Thirty-five percent of the strains could be unambiguously identified to the species level based either on nuITS1 or nuITS2 sequences? using barcode gap calculations. nuITS2 Compensatory Base Change (CBC) and ITS1-5.8S-ITS2 region phylogenetic analysis, together with morphological inspection, confirmed the identification accuracy. In contrast, only 6% of the strains could be assigned to the correct species based solely on rbcL sequences. In conclusion, the data presented here indicates that either nuITS1 or nuITS2 are useful markers for DNA barcoding of freshwater green microalgae, with advantage for nuITS2 due to the larger availability of analytical tools and reference barcodes deposited at databases for this marker. |
|
Palavras-Chave: |
Análise molecular; Identificação morfológica; Microalgas; Sequenciamento genético. |
|
Thesagro: |
Alga. |
|
Thesaurus Nal: |
Algae; Microalgae. |
|
Categoria do assunto: |
--
P Recursos Naturais, Ciências Ambientais e da Terra
V Taxonomia de Organismos |
|
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/176636/1/journal.pone.0149284.PDF
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/152647/1/journal.pone.0149284.PDF
|
|
Marc: |
LEADER 02375naa a2200313 a 4500
001 2046770
005 2018-05-10
008 2016 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $ahttp://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0149284$2DOI
100 1 $aHADI, S. I. I. A
245 $aDNA barcoding green microalgae isolated from neotropical inland waters.$h[electronic resource]
260 $c2016
520 $aThis study evaluated the feasibility of using the Ribulose Bisphosphate Carboxylase Large subunit gene (rbcL) and the Internal Transcribed Spacers 1 and 2 of the nuclear rDNA (nuITS1 and nuITS2) markers for identifying a very diverse, albeit poorly known group, of green microalgae from neotropical inland waters. Fifty-one freshwater green microalgae strains isolated from Brazil, the largest biodiversity reservoir in the neotropics, were submitted to DNA barcoding. Currently available universal primers for ITS1-5.8S-ITS2 region amplification were sufficient to successfully amplify and sequence 47 (92%) of the samples. On the other hand, new sets of primers had to be designed for rbcL, which allowed 96% of the samples to be sequenced. Thirty-five percent of the strains could be unambiguously identified to the species level based either on nuITS1 or nuITS2 sequences? using barcode gap calculations. nuITS2 Compensatory Base Change (CBC) and ITS1-5.8S-ITS2 region phylogenetic analysis, together with morphological inspection, confirmed the identification accuracy. In contrast, only 6% of the strains could be assigned to the correct species based solely on rbcL sequences. In conclusion, the data presented here indicates that either nuITS1 or nuITS2 are useful markers for DNA barcoding of freshwater green microalgae, with advantage for nuITS2 due to the larger availability of analytical tools and reference barcodes deposited at databases for this marker.
650 $aAlgae
650 $aMicroalgae
650 $aAlga
653 $aAnálise molecular
653 $aIdentificação morfológica
653 $aMicroalgas
653 $aSequenciamento genético
700 1 $aSANTANA, H.
700 1 $aBRUNALE, P. P. M.
700 1 $aGOMES, T. G.
700 1 $aOLIVEIRA, M. D. de
700 1 $aMATTHIENSEN, A.
700 1 $aOLIVEIRA, M. E. C.
700 1 $aSILVA, F. C. P.
700 1 $aBRASIL, B. dos S. A. F.
773 $tPlos One$gv. 11, n. 2, Feb. 2016.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
|
Registro original: |
Embrapa Suínos e Aves (CNPSA) |
|
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
|
| Registros recuperados : 35 | |
| 7. |  | AFFONSO, V. R.; BIZZO, H. R.; LAGE, C. L. S.; SATO, A. Influence of growth regulators in biomass production and volatile profile of in vitro plantlets of Thymus vulgaris L. Journal of Agricultural and Food Chemistry, Washington, DC, v. 57, n. 14, p. 6392-6395, jul. 2009.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
|    |
| 10. | | TAVARES, E. S.; LAGE, C. L. S.; LOPES, D.; LEITAO, S. G. Production of (3S)-(+)- linalool by a chemotype of Lippia alba cultivated in vitro and field conditions. In: ANNUAL MEETING OF THE AMERICAN SOCIETY OF PHARMACOGNOSY, 42., Oaxaca, Mexico, 2001. Program and Abstracts... ASP, 2001. p.239, ref. P-254.| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
| |
| 12. | | LOPES, D.; OLIVEIRA, R. R.; KAPLAN, M. A. C.; LAGE, C. S.; LEITAO, A. C. Photosensitization and mutation induced in Escherichia coli and Saccharomyces cerevisiae strains by Dorstenin, a Psoralen analog isolated from Dorstenia bahiensis. Planta Medica, Stuttgart, v. 67, p. 820-824, 2001.| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
| |
| 16. | | PINTO, S. C.; CASTELLAR, A.; D'ELIA, D. S.; MATHIAS, C. C. de A.; LAGE, C. L. S.; LEITÃO, G. G.; BIZZO, H. R.; LEITÃO, S. G. Análise comparativa do óleo essencial de uma Pteridófita (Anemia tomentosa) in vitro e ex vitro. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE ÓLEOS ESSENCIAIS, 5., 2009, Rio de Janeiro. Anais... Rio de Janeiro: Instituto Militar de Engenharia, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
| |
| 17. | | LEITÃO, S. G.; PINTO, S. C.; CASTELLAR, A.; LAGE, C. L. S.; SANTOS, L. H.; BIZZO, H. R.; LEITÃO, G. G.; MARTÍNEZ, N.; DELLACASSA, E. Análise da composição química do óleo essencial de um poejo - Hesperozygis myrtoides coletado em Aiuruoca (MG). In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE ÓLEOS ESSENCIAIS, 5., 2009, Rio de Janeiro. Anais... Rio de Janeiro: Instituto Militar de Engenharia, 2009. 1 CD-ROM.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos. |
| |
| 18. | | NOBRE, M. M.; AZEVEDO, R. A.; CAMPOS, E. F.; LAGE, C. F. A.; GLÓRIA, J. R.; SATURNINO, H. M.; COELHO, S. G. Impacto econômico da retenção de placenta em vacas leiteiras. Pesquisa Veterinária Brasileira, Rio de Janeiro, v. 38, n. 3, p. 450-455, março 2018 Título em inglês: Economic impact of retained placenta in dairy cows.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
|  |
| 19. | | MOLINA, L. R.; COSTA, H. N.; LEÃO, J. M.; MALACCO, V. M. R.; FACURY FILHO, E. J.; CARVALHO, A. U.; LAGE, C. F. A. Efficacy of an internal teat seal associated with a dry cow intramammary antibiotic for prevention of intramammary infections in dairy cows during the dry and early lactation periods. Pesquisa Veterinária Brasileira, Rio de Janeiro, v. 37, n. 5, p. 465-470, maio 2017. Título em português: Eficácia de um selante interno de tetos associado a antibiótico de vaca seca na prevenção de infecções intramamárias no período seco e início de lactação em vacas leiteiras.| Biblioteca(s): Embrapa Unidades Centrais. |
| |
| 20. | | LAGE, C. F. de A.; MARTINS, P. C.; MACHADO, F. S.; CAMPOS, M. M.; RIBAS, M. N.; CAVALCANTI, L. F.; LIMA, J. A. M.; COELHO, S. G. Monitoramento eletrônico do consumo e comportamento ingestivo de novilhas mestiças em estro. In: CONGRESSO INTERNACIONAL DO LEITE, 13., 2015, Porto Alegre. Anais... Juiz de Fora: Embrapa Gado de Leite, 2015. 4 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
| |
| Registros recuperados : 35 | |
|
| Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|
